Suomen Yrittäjiin kuuluu 52 toimialajärjestöä.
Vuoden 2006 alussa perustettiin toimialayhdistys Kaupan Yrittäjät ry paikallisyhdistysten kaupan alan jäsenille.

Alla olevista linkeistä pääset Suomen Yrittäjien toimialajärjestöjen kotisivuille.

• Aurinkosuojaus ry
• Autoalan ja Korjaamoiden Liitto ry
• Automaattivuokraajat ry
• Erikoishammasteknikkoliitto ry
• Erikoiskaupan Liitto ry
  • Kaupan Yrittäjät ry
• Finnet-liitto ry
• Finnsecurity ry
• Hammaslaboratorioliitto ry
• Helsingin Käsityö- ja Teollisuusyhdistys ry
• HTM-Tilintarkastajat ry
• Kiviteollisuusliitto ry
• Koneyrittäjien liitto ry
• Linja-autoliitto ry  
• LVI-Tekniset Urakoitsijat LVI-TU ry
• Lääkäripalveluyritykset ry 
• Messu- ja Somistusalan Liitto ry
• Mestarikiltaneuvosto
• Moottorikorjaamoiden Yhdistys ry
• Muovialan Yrittäjien Liitto ry
• Nuohousalan Keskusliitto ry
• Ompelualan Yrittäjät ry
• Pienteollisuuden Yleinen Ryhmä ry
• Pintaurakoitsijat ry
• Puuteollisuusyrittäjät ry
• Suomen Autokoululiitto ry
• Suomen Bensiinikauppiaitten ja Liikennepalvelualojen Liitto SBL ry
• Suomen Franchising-yhdistys ry (SFY) 
• Suomen fysioterapia- ja kuntoutusyrittäjät FYSI ry
• Suomen Hiusyrittäjät ry
• Suomen Isännöintiliitto ry
• Suomen Kiinteistönvälittäjäliitto ry
• Suomen Kuljetus ja Logistiikka SKAL ry
• Suomen Kunto- ja terveysliikuntakeskusten yhdistys ry
• Suomen Käännöstoimistojen liitto ry (SKTOL)
• Suomen Lasitus- ja Hiomoliitto ry
• Suomen Sairaanhoitajaliitto ry - Sairaanhoitajayrittäjät
• Suomen Sairaankuljetusliitto ry
• Suomen Taksiliitto ry
• Suomen Taloushallintoliitto ry
• Suomen Turvaurakoitsijaliitto ry
• Suomen Vaatturiliitto ry
• Suomen Vakuutusmeklariliitto ry
• Suomen Verhoilijamestarien Liitto ry
• Suomen Yrittäjänaiset ry
• Sähkö- ja teleurakoitsijaliitto STUL ry
• Sähkösuunnittelijat NSS ry
• Taitavat Suutarit ry
• Teknologiateollisuus ry
• TerveSuu Asemat ry
• Terveys- ja Sosiaalialan Yrittäjät ry - TESO ry
• Turkiskaupan Liitto ry
• Yksityisten Katsastustoimipaikkojen Liitto ry