Helsingin Yrittäjillä on kuusi paikallisyhdistystä, jotka toimivat alueellisella pohjalla. Yritys voi liittyä mihin paikallisyhdistykseen tahansa, mutta jos valintaa ei tehdä, määräytyy jäsenen paikallisyhdistys yrityksen jäsenrekisteriosoitteen postinumeron mukaan.
Helsingin Yrittäjien hallitus edustaa aluejärjestöä ja hoitaa sen asioita aluejärjestön kokouksen hyväksymien päätösten mukaan. Hallitus valitaan vuosittain yhdistyksen syyskokouksessa.
