Yrittäjät on jäsenmäärältään Suomen suurin elinkeinoelämän järjestö. Toiminta rakentuu lähes 400 paikallisyhdistyksestä, 20 aluejärjestöstä ja 61 toimialajärjestöstä.
Suomen Yrittäjien ylin päättävä elin on liittokokous. Se kokoontuu joka toinen vuosi. Liittokokousten välillä ylintä päätösvaltaa käyttää Suomen Yrittäjien valtuusto, joka kokoontuu kaksi kertaa vuodessa. Noin kerran kuukaudessa kokoontuva hallitus johtaa Suomen Yrittäjien vaikuttamista. Hallituksen työtä tukevat valiokunnat ja verkostot.
Suomen Yrittäjät ry:n toimintaa ohjaavat yhdistyksen säännöt. Aluejärjestöt, toimialajärjestöt ja paikallisyhdistykset noudattavat omia sääntöjään.
Suomen Yrittäjien puheenjohtaja ja kaksi varapuheenjohtajaa valittiin liittokokouksessa Jyväskylässä 17.10.2020. Hallituksen 8 jäsentä valittiin valtuuston kokouksessa 10.11.2020.
Suomen Yrittäjien valtuusto valittiin liittokokouksessa Jyväskylässä 17.10.2020. Valtuusto kokoontuu kaksi kertaa vuodessa. Sen toimikausi on kaksi vuotta.
Suomen Yrittäjien verkostot yhdistävät yrittäjiä ympäri maata uusien ideoiden ja uuden tekemisen äärelle. Verkostot tuovat näkökulmaa erilaisiin yrittäjäryhmiin ja ovat erinomainen väylä kaikille, jotka haluavat vaikuttaa asioihin konkreettisesti.
Työmarkkinavaltuuskunnan tehtävänä on seurata työehtosopimuspoliittista sekä työlainsäädännön kehitystä, osallistua ja vaikuttaa lainsäädännön ja muiden työmarkkinoihin vaikuttavien toimenpiteiden valmisteluun sekä valmistella hallitukselle työmarkkinapoliittisia kannanottoja, lausuntoja ja aloitteita.
Yritykset ovat jäseniä paikallisissa yrittäjäyhdistyksissä eli paikallisyhdistyksissä tai toimialajärjestöissä. Paikallisyhdistykset ovat aluejärjestöjen jäseniä. Aluejärjestöt ja toimialajärjestöt puolestaan ovat Suomen Yrittäjät ry:n jäseniä. Aluejärjestöillä, suurimmilla paikallisyhdistyksillä ja osalla toimialajärjestöistä on palkattua henkilökuntaa.